Para registar uma fatura com IVA alfandegário, em que apenas se regista o valor de imposto sem incidência deve seguir os seguintes passos:

Passo 1: Criar imposto Alfandegário
Faturação > Configuração > Contabilidade > Impostos

Criação de um novo imposto no âmbito de impostos Compras cujo o valor seja de 0,0%.

Na criação do imposto selecionar a opção de grupo fiscal Alfândega, caso não exista deve-se criar um novo grupo fiscal.

Passo 2: Criar de serviço Alfândega
Faturação > Fornecedores > Artigos

Inserção de um artigo do tipo serviço com as seguintes configurações:

No campo de imposto de fornecedor associar o imposto criado no ponto anterior: ALFANDEGA.

No campo conta para despesas associar a conta de imposto (Conta 2432).

Passo 3:  Inserir Fatura de fornecedor
Faturação > Fornecedores > Faturas

No registo da fatura de fornecedor indicar Preço Unitário como 0,00€ e no Montante do Imposto o valor do IVA alfandegário.

Passo 4: Mapa de impostos
Faturação > Relatórios > Saldo de Impostos

No mapa de imposto fica refletido o IVA alfandegário como imposto sem montante base.