Para Reconciliar uma Nota de Crédito através da Fatura respectiva de origem siga os seguintes passos:

Passo 1: No Painel da Contabilidade > Faturas de Clientes > Mais > Correspondência de...

Passo 2: Na nova janela, escolher com o "mais" as entradas de diário que pretende reconcilar, isto é, a Nota de Crédito e a Fatura. Depois, Reconciliar

Passo 3: Se voltar à Fatura original, o montante da Nota de Crédito aparecerá como "Pago"  e o desconto feito no montante final, no caso de uma Nota de Crédito parcial ou o montante total, no caso de uma Nota de Crédito total.