Ao tentar reconciliar movimentos de diário e deparou-se com o aviso "Os movimentos não são da mesma conta!" deve então verificar a coluna "Conta". Se a reconciliação estiver a ser feita com contas diferentes não é possivel então a reconciliação dos movimentos de diário.

Pode ver como reconciliar contas de diário através do How to Como reconciliar um pagamento de cliente com Saldos de Abertura?